玩家确实可以抓获多种神兽，这些神兽是游戏中的稀有且强大的宝可梦，为游戏体验增添了丰富的收集元素。神兽的种类包括传说中的三圣鸟急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟，以及超梦、梦幻、洛奇亚、凤王等经典存在，总数超过15种。这些神兽的等级普遍在30级至70级之间，其中超梦和洛奇亚的等级最高，均为70级，而迪奥西斯的等级最低，仅30级，玩家需要通过探索和完成特定任务来捕捉它们。
神兽分布在游戏的不同区域，并且需要满足特定条件才会出现，例如急冻鸟位于双子岛深处，需要使用冲浪技能抵达并按顺序推石头堵住瀑布水流；闪电鸟栖息在无人发电厂最深处，需从10号公路冲浪抵达；火焰鸟则固定在1号岛灯火山山顶，需学会怪力术推开拦路岩石。超梦作为剧情核心神兽，需通关后前往华蓝洞窟最底层捕捉，该区域需掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达；梦幻则出现在红莲岛拿取秘密钥匙的建筑物内。部分神兽如三圣兽雷公、炎帝和水君，在击败四大天王后随机出现在关东地区的草丛中，其出现与初始选择的御三家种类相关。
成功捕捉神兽需要合理的策略和准备工作，玩家应当将神兽的血量削弱至红色状态，并施加睡眠或麻痹等异常状态，这样可以显著提高捕捉成功率。使用高级精灵球如超力球、时间球或大师球是必要的，其中时间球在战斗超过30回合后效果最佳，而大师球可直接捕获但数量有限。针对不同神兽的属性弱点，携带相应克制属性的宝可梦可以更容易地应对战斗，例如电系或地面系宝可梦对闪电鸟有优势，水系或岩石系宝可梦则适合对抗火焰鸟。
