梦幻西游中的秘境玩法主要分为三种开放模式，分别是40级海底秘境、70级地狱法阵和90级瑶池仙阵。每种模式都有独特的挑战机制和奖励内容，适合不同阶段的玩家参与。40级海底秘境是新手入门的第一站，难度相对较低，但也能获得不错的经验和基础装备奖励。70级地狱法阵开始增加更多策略性玩法，需要合理搭配队伍和技能。90级瑶池仙阵则是高端挑战，对装备和操作都有较高要求。
除了基础的三层秘境外，游戏还设计了蜃影秘境这种进阶玩法。当玩家完整通关当前等级段的普通秘境后，就能获得蜃影秘珠开启挑战。蜃影秘境的怪物难度更高，战斗机制也更复杂，但奖励自然也更丰厚。每周根据挑战进度发放奖励，还能参与门派排行榜的竞争。需要注意的是蜃影秘境目前只开放了90级以上的内容，40级和70级的还在陆续开发中。
帮派秘境是另一种特殊模式，每周日晚上限时开放。这个模式需要帮派成员组队协作，通过层层挑战获取帮贡和宝箱奖励。到达最高层后会在帮派内撒出大量宝箱，运气好的话还能开出金刚石等珍贵物品。帮派秘境的特点是强调团队配合，三个帮派成员加上一个负责封印的龙女就能组成标准队伍，玩法相对轻松有趣。
游戏还设置了绘梦秘境这样的活动限定玩法。在特定活动期间，玩家可以带着获得的海毛虫和大海龟进入绘梦世界探险。这个模式引入了绘梦币系统，可以用来购买和升级助战伙伴。助战分为不同稀有度，收集相同助战可以合成升星，还能通过守护机制获得额外技能。绘梦秘境共有五章内容，前四章是单次体验，第五章可以重复挑战。
对于时间紧张的玩家，游戏贴心地提供了跳过部分秘境关卡的选项。可以使用跳过券直接进入下一层，或者通过提升自身实力来碾压低难度秘境。不过要注意跳过可能会错过某些特定奖励，建议根据实际情况权衡。另外维护更新后新增的秘境碎片系统，让玩家在日常玩法中有机会收集碎片兑换珍稀物品，虽然收集过程需要点运气，但也是获取高级奖励的新途径。
